“商籍之争”，前后达数十年之久，西商先胜后败，徽商终偿所愿，实在也折射出在此期间，陕、晋、徽三大商帮在扬州气力对比的盛衰窜改。
明朝中前期万积年间编撰的《扬州府志》，记录了这类奥妙的趋势：“扬州皆四方贾人。新安（徽商）最盛，关陕山西、江右（江西）次之。”
不过，此时的扬州盐业，已是徽商的天下，曾经紧密合作的陕西贩子与山西贩子之间貌合神离，陕商在扬州敏捷式微，只剩下约莫十几家盐商，不能称帮，难成气候。
但陕西贩子独享的“特区”政策，到明朝中叶为之一变。明弘治五年（1492年），主管财务和税务的户部尚书叶淇上任不久，就将输粮换引的“开中法”，改成以银换引的“折色法”，也就是说，贩子不必再千里迢迢送粮食到边关，而是直接拿出白银采办盐引，即能获得发卖食盐的答应。叶淇是山阳人（今江苏淮安），此举明显突破了陕西及山西等“边商”固有的上风，给了地理上更靠近两淮、以徽商为主之“内商”进入利润丰富的盐业运营的良机。
汗青上，明崇祯五年（1632年），经徽商联名上书，巡查两淮盐政的官员上书。要求凡盐商后辈都可当场退学，获得天子批准。但这无形中侵害了原有学籍的徽商的好处，引发大师鼓噪，刚好时任扬州知府又是山西人，支撑同亲的抗议，此政策遂缓行。徽商旧事重提，“西人复大鼓噪，争讼不已”，终究又不了了之。
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当时之盐从海滨盐场经扬州转运到各省市场，代价可涨10倍以上。据预算，乾隆三十七年（1772年），扬州盐商每年赚银1500万两以上，交纳盐课600万两以上，占天下盐税六成摆布。这一年，中国的经济总量为全天下的32%，而扬州盐商供应的盐税就占了全天下经济总量的8%。
此次改朝换代的战役，给扬州带来了没顶之灾。1645年5月，清将多尔衮率军南下围扬州城，明将史可法死守城池达半月之久，杀伤清军甚众。城破后，史可法被俘就义，多尔衮为抨击大开杀戒，形成“扬州旬日”悲剧，公众死80万，西商、徽商及各地贩子亦难幸免，有明一代两淮盐业昌隆带来的贸易繁华，毁于一旦。
这类争斗，最后的成果是1644年3月，陕西米脂人李自成率大顺军攻入北京，逼得安徽凤阳人崇祯天子朱由检吊颈他杀，但镇守辽东的明将吴三桂旋即引清兵入山海关，击败大顺军。趁便说一句，生于辽东的吴三桂本籍“广陵首邑”高邮，也算是扬州人了。
入清今后，至康熙初年，天下情势大定，新兴的清朝亦思规复经济民生，以安定统治，而盐税数额庞大，两淮盐业的答复天然是重中之重。在清廷的宽松政策之下，为遁藏烽火退走的盐商连续再聚扬州，所谓“康雍乾乱世”的130余年间（1661年~1795年），扬州盐业达到又一岑岭。极盛之时，每年经扬州运销的盐达160多万引（每引折盐200~400斤），仅盐课（即盐税）一项便占天下财务支出的四分之一。
明朝科技名著《天工开物》的作者宋应星曾写道：（扬州）商之有本者，大略属秦、晋与徽郡三方之人。在明朝，作为盐商的陕西贩子，气力曾超出于山西贩子之上，其故乡是三原县、泾阳县、绥德州等地。