足利尊氏在起兵讨伐镰仓幕府之初，足利直义就一向帮手足利尊氏，足利尊氏也视足利直义为左膀右臂，对他极其正视。足利幕府建立后，足利尊氏的家臣高师直担负首要职位，深得尊氏信赖，备受恩宠，然后权柄越高，骄奢越重，部下部将非常不满，足利直义对此也深为仇恨，决计撤除高师直。
1339年8月16日，53岁的后醍醐天皇因病归天。相传他临死前，一手握着《法华经》，一手抚剑，还立下遗诏：“纵领玉骨已埋南山，灵魂亦当常望北阙。”是以，后醍醐天皇的陵墓也与普通的朝南座北的传统葬式不一样，而是朝北坐南安葬。后醍醐天皇身后没多久，跟随他的几个南朝闻名武将也接踵战死，南朝仿佛“气数已尽”，但是因为足利尊氏与其弟足利直义的内杠，南朝又残喘了50多年。
1335年7月，即建武二年，北条氏旁支北条时行在信浓举兵，并很快攻陷镰仓，史称“中先代之乱”。8月初，足利尊氏未等天皇下诏，带领500名马队，分开京都，与其弟足利直义汇合，大破北条时行，夺回了镰仓。占有镰仓后，足利尊氏并没有返回京都，而是自称征夷大将军，向后醍醐天皇竖起了反旗，这让后醍醐天皇非常恼火。11月19日，天皇任命尊良亲王、新田义贞为正副征讨将军，讨伐足利尊氏。足利尊氏与其弟率军大败天皇的军队，其间，天皇方面也曾多次击败足利尊氏。1336年5月，足利尊氏进入京都，拥立光严天皇的同母胞弟丰仁亲王即位，是为光亮天皇。“建武复兴”由此宣布结束。
北朝的实际节制者足利尊氏在被光亮天皇正式任命为“征夷大将军”后重启武家政治，在京都建立了足利幕府。幕府建立不久，为了清算武家轨制，鼎新朝政，足利尊氏公布了武家法典《建武式目》。《建武式目》提出“居安思危”的观点，以为首要之责是“早休万人愁”，“政在安民”。在这一思惟的指导下，《建武式目》提出要制止豪侈，力行俭仆，不得纳贿贿赂；选用贤达之人担负处所官，并要求豪强不得兼并私宅，以减少停业流浪者；委任尽忠足利氏的有功、有才调的将领为各地保护。
此时的足利尊氏固然获得了天皇的赐名，但是并没有获得他梦寐以求的“征夷大将军”的名号，反倒遭到后醍醐天皇的各种限定，这让足利尊氏非常绝望。
后醍醐天皇实施的新政，最首要的部分就是撤消威胁天皇权力的关白、摄政等职务，统统大权由天皇本人统辖，对皇室和大贵族的好正法力庇护，却对在颠覆镰仓幕府中立下军功的军人的好处不闻不问，这类做法引发了各地军人的极度不满。而与此同时，规复天皇之位没多久的后醍醐天皇为了满足一己私欲，疏忽长年战乱给百姓带来的磨难，肆意增加税收，征发劳役，在京都大兴土木，呈现了“兵革以后，世局未稳，国费民苦”的乱象。后醍醐天皇的倒行逆施激起了农夫的不满，由此，后醍醐天皇逐步落空了军人和农夫对他的支撑。
1331年6月，在足利尊氏与处所豪族颠覆镰仓幕府的统治后，因多次运营倒幕行动而被北条氏放逐到隐歧岛的后醍醐天皇返回京都，拔除了由镰仓幕府搀扶的光严天皇，再次即位，重新掌控了朝政。1334年，后醍醐天皇改年号为“建武”，并实施了一系列的新政，史称“建武复兴”。