1420年8月，足利义满命令严禁边民骚扰明朝，得知此动静的明朝建文帝朱允炆派使臣前去宣诏安抚。在给足利义满的圣旨里，建文帝称其为“日本国王”。足利义满对“日本国王”这一称呼安然接管，并没有感觉不当。究竟上，这个足利尊氏的孙子早已是日本国度权力的最高代表了。在他在朝期间，他将幕府迁到了京都的室町，足利幕府由此改称为室町幕府。
公元1367年，足利幕府第二代将军，38岁的足利义诠病逝，其子足利义满在细川赖之的帮部下，于次年坐上幕府将军的宝座。公元1378年，20岁的足利义满在京都的室町修建了都丽堂皇的府邸，并在天井内广植各种奇花异草，称“花之御所”，并在此处履行政务，足利幕府的称呼由此被室町幕府所代替。
除此以外，与明朝停止的“勘合贸易”，也是室町幕府首要的财务支出来源。所谓“勘合贸易”，是明朝对本国来华停止朝贡贸易的一种称呼，也称“贡舶贸易”。“勘合贸易”必须在特定时候、特定地点停止。因为这期间倭寇猖獗，为了对倭寇和幕府官方船只加以辨别，明朝发给室町幕府勘合符以示辨别。幕府的贸易船只到港后，需出示勘合符，经明朝官员查验无误后，方能停止买卖。
足利义满当政期间，将前两代幕府将军设置的“执事”改称为“管领”，并付与其极大的权限。管领统辖政所、侍所等中心机构，而将军对处所保护的号令，也必须通过管领传达。在室町幕府前期，“管领”职位由足利氏门下的有力保护细川氏、斯波氏、田三氏三大师族轮番担负，称为“三管领”，直至室町幕府末期，“管领”职位才呈现了私相授受的环境。
管领统辖下的侍所由赤松氏、一色氏、山名氏、京极氏四个家属的人出任，首要卖力统领御家人、卖力幕府戒备任务，其权力仅次于管领，被称为“四职”。